SeqGeq单细胞测序分析软件

SeqGeq是由FlowJo软件开发团队创建的桌面生物信息学平台,专门用于单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据的二次和三次分析。该软件于2017年推出,最初由FlowJo LLC与Illumina合作开发,现属于Waters Corporation。SeqGeq的设计理念是让复杂的单细胞数据分析变得易于访问,即使没有编程背景的研究人员也能轻松使用。

SeqGeq的核心优势在于其直观的用户界面和强大的分析功能。软件采用与FlowJo相似的拖放式操作逻辑,用户无需编写R脚本即可完成复杂的生物信息学分析。灵活的样本导入功能支持从任何平台导入scRNA-seq数据,可以与Illumina BaseSpace账户通信直接导入数据,也可以将本地文件直接拖入工作区。

在数据分析方面,SeqGeq提供了全面的工具集。降维分析平台(DRP)集成了PCA、LDA和tSNE算法,这些算法针对单细胞NGS数据进行了优化,在标准笔记本电脑上即可快速运行。用户可以在任何或所有样本、细胞群体或参数上运行这些算法,专注于生物学意义重要的基因和群体。

聚类和细胞亚群识别是SeqGeq的强项。软件提供直观的门控工具,用户只需几次鼠标点击即可选择感兴趣的细胞群体。布尔比较工具允许用户轻松比较和对比不同的细胞群体。差异表达基因分析功能支持快速识别和比较不同细胞群体的独特表达基因,并可将这些基因保存为分析基因集。

SeqGeq支持V(D)J分析、Seurat聚类、Monocle轨迹推断等高级功能。基因集富集分析帮助定义生物学功能和识别感兴趣的目标基因。质量控制功能创建QC参数用于去除异常值、碎片和双细胞。火山图中的差异表达分析允许对上调和下调基因进行严格的统计分析。

数据可视化方面,SeqGeq支持实时可视化,可以将单个基因或从基因集衍生的合成参数映射到样本上,生成热图并实时可视化。细胞或基因可视化是交互式的,外观完全可定制,以最佳方式显示数据的结构和特征。软件可以一键生成符合发表标准的图形,强大的报告工具支持快速创建和导出分析结果。

SeqGeq采用开放式插件架构,用户可以从FlowJo Exchange平台下载各种插件扩展软件功能,包括Seurat、ViolinBox、BatchLR、TriMap、iCellR等。软件支持将整个分析保存为单个zip文件(GeqZip分析),方便共享和协作。